水利水电工程专业（原水力发电工程建筑专业）创建于1953年；1999年被国家教委评为全国示范性专业，同年招收全日制本科生；2012年列入“服务国家特殊需求人才培养项目”，开始招收全日制专业学位硕士研究生。至今已培养毕业生8000余名。

水利水电工程学科于2011年获批为吉林省“十二五”优势特色重点学科，2014年获批为吉林省重点一级学科；水利水电工程专业于2011年被批准为教育部“卓越人才培养计划”改革试点专业和吉林省“十二五”特色专业，2013年被评为国家第一批专业综合改革试点专业，2014年被评为吉林省首批品牌专业。